i2b2-hematology

  • i2b2-hematology è un’infrastruttura informatica di supporto ai ricercatori coinvolti nel progetto Cluster REL, finanziato da Regione Lombardia e Fondazione Cariplo nel 2013.

    i2b2 è utilizzato in tutto il mondo per integrare dati clinici e molecolari a fini di ricerca

    i2b2 (Informatics for Integrating Biology and the Bedside) è un software sviluppato da una collaborazione tra Partners Healthcare di Boston e Harvard University. Ad oggi i2b2 supporta la gestione dei dati di oltre 100 milioni di pazienti in tutto il mondo e i2b2 (assieme ai progetti correlati) rappresenta la base per il programma di Precision Medicine finanziato dal governo statunitense e dal Presidente Obama.


    In uso presso il Dip. di Ematologia dell’IRCCS San Matteo di Pavia

    i2b2-hematology mette a disposizione dei ricercatori i dati clinici dei pazienti, aggregati ai dati molecolari raccolti ed alle informazioni relative ai campioni immagazzinati in biobanca. L’istanza attualmente in uso presso il Dipartimento di Ematologia integra i dati provenienti da

    1. Sistema informativo interno, in particolare le informazioni dei referti clinici
    2. Database di ricerca sviluppati dai singoli gruppi di ricerca
    3. Flusso informativo riguardante la richiesta di test molecolari e gestito da RELab (www.relab-lombardia.net)
    4. I campioni conservati in Biobanca Boerci a fini di ricerca
    5. Analisi genomiche effettuate sui campioni tramite tecnologie di nuova generazione

    Con il medesimo strumento è quindi possibile progettare degli studi sui pazienti con un determinato fenotipo clinico e campioni disponibili, e successivamente utilizzare i dati prodotti dalle analisi molecolari effettuate.

    i2b2-hematology

    Per selezionare una coorte di interesse tramite l’interfaccia intuitiva

    Interrogazione

    È stata definita una tassonomia di concetti finalizzata alla caratterizzazione clinica dei pazienti con neoplasie ematologiche. Tramite un’interfaccia web intuitiva ed utilizzando tali concetti il ricercatore può comporre regole di filtraggio anche molto complesse per poter così selezionare una coorte di pazienti d’interesse.


    Per eseguire analisi statistiche sui dati relativi alla coorte selezionata

    Il ricercatore può effettuare operazioni di controllo, reportistica e analisi dei dati relativi alla coorte selezionata utilizzando dei tool di analisi (“plugin”) sviluppati. In particolare è possibile:b_131_100_16777215_00_images_fig_corr.png

    • Esportare i dati in formato excel per successive analisi con tool esterni
    • Effettuare analisi statistiche di base
    • Eseguire analisi di correlazione e associazione statistiche tra più concetti/variabili
    • Effettuare un’analisi di sopravvivenza con il metodo di Kaplan-Meier


    Per progettare studi in base ai campioni disponibili in biobanca

    La sincronizzazione con il database del software IceTrack, utilizzato per la gestione della Biobanca Boerci, permette al ricercatore di b_131_100_16777215_00_images_fig_biobank-icetrack.png

    • stratificare ulteriormente i pazienti in base ai campioni disponibili
    • visualizzare le informazioni relative ai campioni raggruppati per paziente (eg. posizioni) per recuperare il materiale biologico d’interesse per uno studio


    Per identificare coorti anche tramite le informazioni genetiche

    Interrogazione

    Le coorti selezionate in base alle informazioni cliniche possono essere ulteriormente stratificate in base ai dati genetici disponibili.
    Il sistema i2b2 è infatti integrato con un database contente i risultati di una pipeline di analisi di dati genetici generati tramite sequenziatori di nuova generazione (NGS).
    Il ricercatore ha la possibilità di costruire delle regole di filtraggio dei pazienti in base ad informazioni genetiche (e.g. presenza di varianti in un gene, particolari funzioni esomiche, PolyPhen score)


    Per creare una rete di centri per progetti collaborativi multicentrici

    Tramite un’estensione di i2b2, è possibile condividere i propri dati con altri centri per creare progetti collaborativi multicentrici. In particolare il sistema permette di interrogare parallelamente più centri per ottenere il numero di pazienti con particolari caratteristiche affiliati a ciascun istituto.