FSM - i2b2 Oncologia

Additional Info

  • Stato: Concluso
  • Centro coordinatore: IRCCS Fondazione Salvatore Maugeri, Pavia (IT)
  • Ambito: Oncologia
  • Data Inizio: Venerdì, 01 Gennaio 2010
  • Finanziamento: Regione
  • Soluzioni: i2b2
  • Descrizione:


    ONCO-i2b2 è un progetto di ricerca dell'Università di Pavia e dell'IRCCS Fondazione Salvatore Maugeri di Pavia (FSM) per supportare la ricerca clinica in oncologia. ONCO-i2b2, finanziato dalla regione Lombardia, fonda il software i2b2. Utilizzando i2b2 e nuovi moduli software progettati appositamente durante il progetto, sono stati integrati dati provenienti da più fonti per permettere di interrogarli in modo incrociato. Il nucleo del processo di integrazione sta nel recupero e fusione di dati dal software di gestione della biobanca e dal sistema informativo ospedaliero di FSM. Il processo di integrazione si basa su una ontologia del dominio oncologico e su moduli di integrazione software open-source. È stato implementato anche un modulo di Text-Mining/NLP (Natural Language Processing). Questo modulo estrae automaticamente le informazioni cliniche dei pazienti oncologici dai referti non strutturati provenienti da Anatomia Patologia. Il sistema gestisce più di due migliaia di pazienti.

     

  • Riferimenti:


    Segagni D, Tibollo V, Dagliati A, Zambelli A, Priori SG, Bellazzi R (2012) An ICT infrastructure to integrate clinical and molecular data in oncology research. BMC Bioinformatics 13(Suppl 4): S5. (linkpdf)

    Segagni D, Tibollo V, Dagliati A, Malovini A, Zambelli A, Napolitano C, Priori SG, Bellazzi R. Clinical and research data integration: the i2b2-FSM experience. AMIA Jt Summits Transl Sci Proc. 2013 Mar 18;2013:239-40. eCollection 2013. (pdf)

    Segagni D, Tibollo V, Dagliati A, Perinati L, Zambelli A, Priori S, Bellazzi R. The ONCO-I2b2 project: integrating biobank information and clinical data to support translational research in oncology. Stud Health Technol Inform. 2011;169:887-91. (link, pdf)

    Segagni D, Gabetta M, Tibollo V, Zambelli A, Priori SG, Bellazzi R. ONCO-i2b2: Improve patients selection through case-based information retrieval techniques. 8th International Conference on Data Integration in the Life Sciences, DILS 2012 (link)

     

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