i2b2-Oncologia in ASST Papa Giovanni XXIII (Bergamo)

Additional Info

  • Stato: Corrente
  • Centro coordinatore: ASST Papa Giovanni XXIII, Bergamo (IT)
  • Ambito: Oncologia
  • Data Inizio: Giovedì, 01 Settembre 2016
  • Soluzioni: i2b2
  • Descrizione:

     

    Dal 2017 è stato creato un progetto “verticale” specifico per il dipartimento di Oncologia all’interno del sistema i2b2 dell’ASST Papa Giovanni XXIII.

    Il progetto contiene i dati integrati nel progetto orizzontale aziendale ma limitati ai pazienti con diagnosi oncologica. Il progetto include quindi

    1. - SDO dei pazienti dimessi
    2. - terapie farmacologiche
    3. - dati di accettazione alle prestazioni ambulatoriali
    4. - archivio dei dati di laboratorio chimica clinica
    5. - referti di anatomia patologica.

     

    In aggiunta il progetto include le informazioni estratte dai referti di anatomia patologia relativi a pazienti con tumore al seno tramite un algoritmo di Text-Mining. L’algoritmo utilizza tecniche di NLP (Natural Language Processing) che sfrutta un’ontologia riferita al cancro della mammella. L’ontologia è stata definita in base ad un’ontologia di riferimento (PATHLEX) e alle informazioni specifiche da estrarre. In fase di validazione l’algoritmo ha superato il 90% di precisione. La procedura è stato quindi applicato a tutti i referti di tumore al seno (circa 20 mila referti).  

    Il progetto integra inoltre studi clinici specifici eseguiti con dati di pazienti afferenti all’istituto; in particolare lo strumento risulta molto efficiente per raccogliere dati per studi di RWE (Real World Evidence).

    Si prevede infine di completare la base dati utile ai ricercatori integrando anche le informazioni raccolte nella cartella oncologica in utilizzo presso l’ASST Papa Giovanni XXIII.

    i2b2-HPG interfaccia

    Figura 1: Tassonomia i2b2 e ontologia per referti di anatomia patologia relativi al tumore al seno 
     
  • Riferimenti:


    Viani N, Chiudinelli L, Tasca C, Zambelli A, Bucalo M, Ghirardi A, Barbarini N, Sfreddo E, Sacchi L, Tondini C, Bellazzi R. Automatic Processing of Anatomic Pathology Reports in the Italian Language to Enhance the Reuse of Clinical Data. Stud Health Technol Inform. 2018;247:715-719. (link, pdf)

    Zambelli A, Ghirardi A, Masciulli A, Sfreddo E, Porcino R, Bucalo M, Barbarini N, Chiudinelli L, Chirco A, Labianca A, Barbui T, Tondini C. Ten-years electronic phenotyping archive and automated reconstruction of her2+ breast cancer patients careflow, through the exportable, open-source i2b2 data ware-housing platform. XX Congresso Nazionale AIOM 2018. (pdf)

    Chiudinelli L, Viani N, Zambelli A, Gabetta M, Bucalo M, Ghirardi A, Sfreddo E, Sacchi L, Tondini C, Bellazzi R. i2b2 Ontology Curation leveraging clinical notes. NETTAB 2018. (pdf)

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